Pytanie, które najczęściej nasuwa się osobom po raz pierwszy stykającym się z Bonsai to: "Dlaczego te drzewka pozostają takie małe?" W największym skrócie można odpowiedzieć: wyłącznie dzięki specyficznej uprawie i formowaniu. Drzewka Bonsai zazwyczaj nie są tworzone z żadnych skarłowaciałych gatunków drzew, które z biegiem lat samoistnie zachowywałyby swoje niewielkie rozmiary. Najczęściej są to klony, wiązy, buki, fikusy, sosny, jałowce, cyprysy i wiele innych gatunków pełnowymiarowych drzew występujących powszechnie na różnych kontynentach. Jeżeli drzewkom Bonsai pozwolonoby na swobodny nieograniczony wzrost po pewnym czasie niczym nie różniłyby się od drzew i krzewów rosnących dziko w naszych lasach i parkach.

Bonsai tym różni się od uprawy zwykłych roślin doniczkowych, że formę i wygląd kształtujemy sami w zaplanowany sposób, tak aby drzewko mające kilkadziesiąt centymetrów wysokości przypominało wiekowe potężne drzewo w pomniejszonej skali. Przy uprawie roślin doniczkowych nasza rola ogranicza się do stworzenia optymalnych waruków wzrostu, natomiast wygląd rośliny kształtuje sama natura.

Małe drzewka mają naturalną tendencję do mocnego wzrostu pędów w górę starając się wygrać z innymi roślinami wyścig o dostęp do światła dziennego. W związku z tym przyjmują zwykle smukłą i strzelistą formę przy niewielkiej różnicy grubości pnia przy podstawie i jego czubku. Podstawa pnia pozbawiona jest widocznych bocznych korzeni i przypomina podstawę słupa telefonicznego. Kora młodego drzewka jest cienka i gładka.

Z kolei duże pełnowymiarowe drzewa rosnące w naturze mają rozłożyste korony z gałęziami ułożonymi bardziej poziomo lub zwisającymi w dół pod wpływem własnego ciężaru. Drzewo osiągnęło już swoją naturalną wysokość i rośnie teraz na boki chcąc maksymalnie zwiększyć powierzchnię, którą chłonie promienie słoneczne. Pień mocno się zwęża wraz z wysokością, a przy jego podstawie widać wyrastające w różnych kierunkach boczne korzenie. Kora ma chropowatą fakturę pełną bruzd, dziupli, martwych konarów i innych śladów wcześniejszej historii drzewa.

Kształtując drzewko Bonsai powinniśmy starać się w małej roślinie oddać cechy charakterystyczne dla dużych drzew. Można to osiągnąć stosując różne techniki formowania np. poprzez zakładanie drutów na gałęzie, różnego rodzaju odciągników, wyginaczy, poprzez odpowiednie przycinanie, szczepienie oraz zrastanie się poszczególnych części roślin. Należy pamiętać, że formowanie stanowi dodatkowe obciążenie dla zdrowia roślin i raczej należy unikać jego przeprowadzania na drzewkach chorych i osłabionych. Takie drzewka powinniśmy formować po okresie rekonwalescencji, kiedy powrócą do pełni sił i będą w dobrej kondycji.